Στη σχολή σήμερα υφίστανται και λειτουργούν δύο εκπαιδευτικές δομές. Η μια είναι το Πρακτικό Γεωργικό Σχολείο το οποίο υλοποιεί προγράμματα νέων αγροτών, περιορισμένης διάρκειας σε θέματα αμπελουργίας, ελαιοκομίας, κτηνοτροφίας και κηπευτικών καλλιεργειών.
Παράλληλα λειτουργεί και μια επαγγελματική σχολή (ΕΠΑ. Σ. Κρήτης), εποπτείας Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, διετούς φοίτησης, με ειδικότητα «θερμοκηπιακών κατασκευών και καλλιεργειών», η οποία όμως αντιμετωπίζει πρόβλημα εκπαιδευτικού προσωπικού με δεδομένο ότι για να καλυφθούν 50 διδακτικές ώρες εβδομαδιαίως σε Α΄ και Β΄ τάξη, προσφέρθηκαν εθελοντικά οι γεωπόνοι και τεχνολόγοι του Δήμου Φαιστού και Γόρτυνας, οι οποίοι έχουν προσληφθεί με πεντάμηνη σύμβαση εργασίας από το φορέα Κοινωφελούς Εργασίας «Αλληλεγγύη». Το παραπάνω προσωπικό θα παρέμενε στους δήμους μέχρι τέλος Ιανουαρίου οπότε και έληγε η σύμβασή του.
Στην έγγραφη απάντησή του Υπουργού, προς τον Λευτέρη Αυγενάκη, αναφέρεται ότι: «για την απρόσκοπτη λειτουργία της επαγγελματικής σχολής της Μεσσαράς, το Υπουργείο αποφάσισε να καλύψει την έλλειψη μόνιμου εκπαιδευτικού προσωπικού με γεωπονικό προσωπικό που υπηρετεί στο ΥΠΑΑΤ και σε περιφερειακές υπηρεσίες του ΕΛΓΟ «ΔΗΜΗΤΡΑ» και έχει εκφράσει ενδιαφέρον να διδάξει στη σχολή, ενώ έχουν δρομολογηθεί οι αναγκαίες διαδικασίες».