Τα εκπαιδευτικά προγράμματα του Ιδρύματος είναι σχεδιασμένα έτσι ώστε να συμβάλλουν στην ανάπτυξη του μαθητή ενθαρρύνοντας την κριτική σκέψη , την πρωτοβουλία, τη δημιουργικότητα και να έχουν άμεση σχέση με την ύλη των μαθημάτων της κάθε τάξης ή να αποτελούν συμπλήρωμα αυτής.
Μέσω των προγραμμάτων αυτών δίνεται η ευκαιρία στους νέους επισκέπτες με τρόπο βιωματικό, μέσα από εκπαιδευτικές δραστηριότητες προσαρμοσμένες στις ανάγκες και τα ενδιαφέροντα τους, να ανακαλύψουν πληροφορίες για τη ζωή, το έργο, και τη δράση του Ελευθερίου Βενιζέλου αλλά και να έρθουν σε επαφή με σημαντικές στιγμές της Ελληνικής ιστορίας.
Ειδικότερα, με αφορμή τον εορτασμό της επετείου της Ένωσης της Κρήτης με την Ελλάδα πραγματοποιείται το εκπαιδευτικό πρόγραμμα «Ταξίδι στο χρόνο.
Η πορεία προς την Ένωση» κατά τη διάρκεια του οποίου οι μαθητές, μέσα από τεχνικές και εργαλεία της δραματικής τέχνης συμμετέχουν ενεργά στις επαναστάσεις (αναλαμβάνουν ρόλους), βιώνουν τα γεγονότα της εποχής, δραστηριοποιούνται, αναπαριστούν καταστάσεις, εργάζονται ομαδικά και προχωρούν στην διαχείριση δύσκολων ιστορικών θεμάτων αξιοποιώντας τις γνώσεις τους και τις εμπειρίες τους.
Η συμμετοχή των μαθητών είναι δωρεάν.
Η μελέτη, ο σχεδιασμός και η υλοποίηση των εκπαιδευτικών προγραμμάτων πραγματοποιείται από την παιδαγωγό – μουσειοπαιδαγωγό Ρία Μαρκουλάκη.