Σύμφωνα με ανακοίνωση της Γενικής Διεύθυνσης Περιφερειακής Αγροτικής Οικονομίας και Κτηνιατρικής-Διεύθυνση Κτηνιατρικής:

-Οι απογραφές των κτηνοτρόφων πρέπει να γίνονται από 1 Νοεμβρίου έως 15 Δεκεμβρίου κάθε έτους και να κοινοποιούνται εντός ενός μηνός και το αργότερο μέχρι τις 15 Δεκεμβρίου στα κτηνιατρικά κέντρα. 

Κοινοποιήσεις μετά τις 15 Δεκεμβρίου συνεπάγονται προσημείωση της ημερομηνίας κοινοποίησης στο μητρώο εκμετάλλευσης με κόκκινη μελάνη και καταγραφή αυτής στην κτηνιατρική βάση δεδομένων, με συνέπειες από τον ΟΠΕΚΕΠΕ. 

Η απογραφή είναι υποχρεωτική και για τις εκμεταλλεύσεις με μηδενικό αριθμό ζώων.

-Τα μητρώα εκμετάλλευσης πρέπει να είναι ενημερωμένα στις σελίδες «μεταβολές ζωικού κεφαλαίου με ατομική σήμανση» και «μεταβολές ζωικού κεφαλαίου χωρίς ατομική σήμανση» και οι μεταβολές να ταιριάζουν με τις διακυμάνσεις του αριθμού των ζώων ανάμεσα στις ετήσιες απογραφές.

-Η ενημέρωση των μητρώων εκμετάλλευσης πρέπει να γίνεται με αληθή στοιχεία καθώς οι εγγραφές ενέχουν θέση υπεύθυνης δήλωσης του κτηνοτρόφου (άρθρο 8 Ν.1599/1986).