Τεράστιες είναι οι οφειλές που καλείται να καλύψει ο δήμος Ηρακλείου και οι οποίες αφορούν εκκρεμότητες σε οικονομικές υποχρεώσεις (αμοιβές εργαζομένων, εισφορές προς ασφαλιστικά ταμεία, διάφορα έργα υποδομής, και προμήθειες υλικών) ορισμένων δήμων που συνενώθηκαν με το δήμο Ηρακλείου, λόγω Καλλικράτη.
Συγκεκριμένα, βάσει πληροφοριών, τα τελευταία τρία χρόνια το ποσό που επιβαρύνει το δήμο Ηρακλείου από παλιές οφειλές δήμων (πριν τη συνένωση) ξεπερνάει τα 5 εκατομμύρια ευρώ.
Μάλιστα, σε πρόσφατο κατασχετήριο και αναφορά εργολάβου που κατασκεύασε γήπεδο στη περιοχή του Προφήτη Ηλία που υπαγόταν στις διοικητικές αρμοδιότητες του πρώην δήμου Τεμένους, εκκρεμεί εξόφληση που φτάνει το μισό εκατομμύριο ευρώ.