Όπως αναφέρεται στο έγγραφο του Υπουργού: «όσον αφορά στη διαχείριση των ανεπιτήρητων παραγωγικών ζώων, σύμφωνα με τον ν. 4056/2012, θεσπίζονται οι διαδικασίες σχετικά με την διαχείριση των ανεπιτήρητων παραγωγικών ζώων, καθώς και οι επιβαλλόμενες κυρώσεις για τους ιδιοκτήτες τους, στην περίπτωση που αυτοί ταυτοποιούνται από τη σήμανση των ζώων.
Συγκεκριμένα, οι Δήμοι της χώρας υποχρεούνται να μεριμνούν για την περισυλλογή, μεταφορά, φύλαξη, διατροφή και διατήρηση των ανεπιτήρητων παραγωγικών ζώων, μέχρι την ολοκλήρωση των διαδικασιών για την καθ’ οιονδήποτε τρόπο εκποίηση ή σφαγή ή επιστροφή στον ιδιοκτήτη τους .»
Ως εκ τούτου ,σε κάθε Δήμο συγκροτείται, με απόφαση του Δημάρχου, τριμελής επιτροπή παρακολούθησης του προγράμματος διαχείρισης ανεπιτήρητων παραγωγικών ζώων, με υποχρεωτική συμμετοχή ενός τουλάχιστον κτηνιάτρου ή γεωπόνου του Δήμου.
Όσον αφορά στην ανίχνευση φυτοφαρμάκων ζωικής προέλευσης, επισημαίνεται ότι «κάθε χρόνο το Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων καταρτίζει το Εθνικό Πρόγραμμα Επιτήρησης και Ελέγχου Καταλοίπων Κτηνιατρικών Φαρμάκων και λοιπών ουσιών για τα τρόφιμα ζωικής προέλευσης ,το οποίο κατανέμεται για εφαρμογή, με σχετική εγκύκλιο, στα κτηνιατρικά εργαστήρια και στα Τμήματα Κτηνιατρικής των Περιφερειακών Ενοτήτων.
Ο αριθμός και το είδος των δειγμάτων, καθώς και οι ομάδες ουσιών, καθορίζονται από την Ενωσιακή νομοθεσία (Οδηγίες 96/22/ΕΚ και 96/23ΕΚ του Συμβουλίου ), η οποία ενσωματώνεται στην Εθνική με το Π.Δ. 162/09.Στόχος του εν λόγω Προγράμματος είναι η διασφάλιση της δημόσιας υγείας και η προστασία του καταναλωτή.»
Το Εθνικό Πρόγραμμα Επιτήρησης και Ελέγχου Καταλοίπων εκτείνεται σε όλο το φάσμα της τροφικής αλυσίδας παραγωγής και περιλαμβάνει δειγματοληψίες σε ζώντα ζώα και σε πρωτογενή προϊόντα ζωικής προέλευσης, όπως κρέας ,αυγά ,μέλι και γάλα.
Ακόμη, επισημαίνεται ότι «το Εθνικό Πρόγραμμα Επιτήρησης και Ελέγχου Καταλοίπων απαιτεί μεγάλο κόστος για την υλοποίησή του ,καθώς είναι μεγάλος ο αριθμός των δειγμάτων που λαμβάνονται (ενδεικτικά για το 2013 ,αριθμός στοχοθετημένων δειγμάτων: 7625) και δαπανηρές οι αναλύσεις που πραγματοποιούνται λόγω κόστους αναλώσιμων και μηχανημάτων που απαιτούνται για την εξασφάλιση ασφαλών και έγκυρων αποτελεσμάτων.
Σε περίπτωση ανεύρεσης μη συμμορφούμενου αποτελέσματος, το ΥΠΑΑΤ, σε συνεργασία με τις Περιφερειακές Κτηνιατρικές Αρχές, λαμβάνει όλα τα απαιτούμενα μέτρα βάσει της Ενωσιακής και Εθνικής Νομοθεσίας (π.χ. απομόνωση εκτροφής, κατάσχεση επίμαχων προϊόντων ή παρτίδας, διενέργεια ύποπτων δειγματοληψιών, επιβολή κυρώσεων κ.ά.), προκειμένου να διασφαλιστεί η δημόσια υγεία .
Μάλιστα όπως σημειώνει ο Υπουργός στο έγγραφό του προς τον Λ. Αυγενάκη: «από την επεξεργασία των μέχρι σήμερα δεδομένων του παραπάνω Προγράμματος για τα έτη 2012 και 2013,δεν έχει προκύψει η ανίχνευση φυτοφαρμάκων στα προϊόντα ζωικής προέλευσης που ελέγχθηκαν.»