Δεκτή έγινε στο μεγαλύτερο μέρος της από τον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων κ. Κωνσταντίνο Αρβανιτόπουλο, τροπολογία που κατατέθηκε από τον Βουλευτή Ηρακλείου κ. Λευτέρη Αυγενάκη στο νομοσχέδιο του ΥΠΑΑΤ, κατόπιν συνεργασίας με την Εκκλησία της Κρήτης, και η οποία επιλύει σημαντικά ζητήματα της Εκκλησίας της Κρήτης, ενώ παραμένουν εκκρεμή θέματα προς επεξεργασία και επίλυση σε επόμενη νομοθετική πρωτοβουλία.

Πιο συγκεκριμένα η τροπολογία επιλύει μια σειρά θεμάτων των Ιερών Μητροπόλεων της Εκκλησίας της Ελλάδος, της Εκκλησίας της Κρήτης και της Δωδεκανήσου, όπως την αναδρομική δημοσίευση των ονομάτων των κληρικών που ανέλαβαν καθήκοντα από το 2010 και εκ παραδρομής δεν είχαν δημοσιευθεί στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, ενώ εισάγεται ρύθμιση που αφορά τα ειδικά νομικά πρόσωπα, ήτοι τα νομικά πρόσωπα της Εκκλησίας της Ελλάδος, της Εκκλησίας της Κρήτης και των Ιερών Μητροπόλεων Δωδεκανήσου και Εξαρχίας Πάτμου, των Ισραηλιτικών Κοινοτήτων, του Κεντρικού Ισραηλίτικου Συμβουλίου, του Οργανισμού Περιθάλψεως και Αποκαταστάσεως Ισραηλιτών Ελλάδος, προκειμένου να διευκρινιστεί ότι αυτά δεν ταυτίζονται με τα κρατικά ν.π.δ.δ. και δεν υπάγονται στις διατάξεις δημοσίου δικαίου, που αφορούν την Γενική Κυβέρνηση και τον δημόσιο τομέα, διατηρώντας τις διατάξεις που αφορούν στην εποπτεία και τον δημοσιονομικό τους έλεγχο.

Με την περίπτωση 4 και 5 της παραγράφου 1 της τροπολογίας, επιλύεται το πρόβλημα που ανέκυψε μετά την γνωμοδότηση της Ολομέλειας του Ν.Σ.Κ., κατά την οποία τα εκκλησιαστικά Ιδρύματα, που συνιστώνται με αποφάσεις της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος με βάση τον Καταστατικό Χάρτη (Ν. 590/77), δεν είναι νομικά πρόσωπα. Δίνεται έτσι η δυνατότητα στην Δ.Ι.Σ., να συστήνει με αποφάσεις της, Εκκλησιαστικά Ιδρύματα για την προαγωγή μη κερδοσκοπικών φιλανθρωπικών, κοινωνικών, μορφωτικών και πολιτιστικών σκοπών καθώς και να καθορίζει ζητήματα λειτουργίας τους. Με τις περιπτώσεις 6 και 7, εκσυγχρονίζεται το πλαίσιο διαχείρισης, αξιοποίησης, καταγραφής και προστασίας της εκκλησιαστικής περιουσίας

Επιπλέον, θεσπίζεται ευρύτατη πρόβλεψη για την δυνατότητα μεταβίβασης ακινήτων της Εκκλησίας στο Κράτος, Ν.Π.Δ.Δ. και Ο.Τ.Α. και αντίστροφα, η φορολογική μεταχείρισή τους, ενώ προβλέπεται και η δυνατότητα σύστασης δικαιώματος επιφάνειας σε ακίνητα Νομικών Προσώπων Δημοσίου Δικαίου της Εκκλησίας της Ελλάδος.

Ωστόσο, παραμένουν εκκρεμή ζητήματα που αφορούν στον τρόπο διαχείρισης και αξιοποίησης της περιουσίας νομικών προσώπων της Εκκλησίας της Κρήτης, στην δυνατότητα της Ιεράς Επαρχιακής Συνόδου της Εκκλησίας Κρήτης, να συστήνει με αποφάσεις της, Εκκλησιαστικά Ιδρύματα για την προαγωγή φιλανθρωπικών, κοινωνικών, μορφωτικών και πολιτιστικών σκοπών, ζητήματα χρήσης Ιερών Ναών άνευ μοναστικής αδελφότητας καθώς και την δυνατότητα σύστασης δικαιώματος επιφάνειας σε ακίνητα Ν.Π.Δ.Δ. της Εκκλησίας Κρήτης. Επιπλέον, «ανοιχτό» παραμένει το ζήτημα των όρων μεταβίβασης ακινήτων της Εκκλησίας από το Δημόσιο επί των οποίων λειτουργούν Ιεροί Ναοί, Επισκοπεία Ιερές Μονές κλπ.