Την αποχώρησή του από την πολιτική και την επιστροφή του στην Κομισιόν όπου εργαζόταν από το 1987 έως το 2004 ανακοίνωσε ο Κώστας Μουσουρούλης μετά την μη εκλογή του στην Ευρωβουλή.

«Θα ήθελα να ευχαριστήσω μέσα από την καρδιά μου όλες και όλους, σε κάθε γωνιά της Ελλάδας, που με στήριξαν σε αυτόν το δύσκολο αγώνα. Ήταν μια μοναδική εμπειρία ζωής για μένα, 48 πόλεις σε 13 περιφέρειες, ολόκληρη η Ελλάδα σε εικόνες και ανθρώπους» τονίζει σε ανακοίνωσή του ο πρώην υπουργός Ναυτιλίας: 

«Ιδιαίτερα θέλω να ευχαριστήσω τους συμπατριώτες μου που με εμπιστεύθηκαν με την ψήφο τους τώρα, για μια τελευταία φορά. Κλείνω τη θητεία μου στην πολιτική ζωή, κρατώντας με συγκίνηση στη σκέψη μου όλα όσα περάσαμε αυτή τη δύσκολη εποχή για την πατρίδα. Όλοι γνωρίζουν ότι δεν σταμάτησα λεπτό να δουλεύω για το κοινό καλό της Χίου, των Ψαρών, των Οινουσσών, αλλά και της χώρας συνολικά. Η Ελλάδα και η Χίος θα είναι πάντα κίνητρό μου, ακόμα κι αν δεν είναι η δουλειά μου. Αυτό το πιστεύω και το οφείλω σε αυτούς με τους οποίους συμπορευθήκαμε για ένα καλύτερο σκοπό και αύριο», είπε και προσέθεσε: 

«Συγχαίρω θερμά τις νέες δημοτικές αρχές στη Χίο, τις Οινούσσες και τα Ψαρά και τη νέα περιφερειακή αρχή για την εκλογή τους. Εύχομαι να δώσουν τον καλύτερο εαυτό τους για τη βελτίωση της ποιότητας ζωής των πολιτών και την ανάπτυξη των νησιών μας. Εύχομαι καλή συνέχεια και κάθε επιτυχία στον Πρωθυπουργό, την Κυβέρνηση και την παράταξή μας, προς μια σύγχρονη νέα πορεία για τη χώρα και τη μεταρρυθμιστική της προσπάθεια. Συγχαρητήρια για την εκλογή και καλή επιτυχία στους νέους εκπροσώπους μας στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο».

Ο Κώστας Μουσουρούλης το 2004 επέστρεψε από τις Βρυξέλλες και έγινε γγ στο υπουργείο Οικονομικών και τρία χρόνια αργότερα στην ίδια θέση στο υπουργείο Ανάπτυξης. Το 2009 εξελέγη βουλευτής Χίου και το 2012 επελέγη από τον πρωθυπουργό για τον υπουργικό θώκο του υπουργείου Ναυτιλίας.