Το νέο αυτοματοποιημένο σύστημα επιστροφών ΦΠΑ επεξεργάζονται τα στελέχη του υπουργείου Οικονομικών σε συνεργασία με τη Γενική Γραμματεία Πληροφοριακών Συστημάτων, το οποίο θα επιτρέψει την απόδοση του ΦΠΑ σε μία εβδομάδα. 

Σύμφωνα με δημοσίευμα της «Καθημερινής», η φορολογική εικόνα και το ιστορικό κάθε επιχειρήσεις θα κρίνουν τον χρόνο που το Δημόσιο θα επιστρέφει τον ΦΠΑ. Ο φόρος θα επιστρέφεται χωρίς έλεγχο σε όσες επιχειρήσεις είναι συνεπείς στην απόδοση του φόρου και δεν έχουν υποπέσει σε φορολογικές παραβάσεις την τελευταία διετία.

Το νέο αυτοματοποιημένο σύστημα επικύρωσης για την επιστροφή του ΦΠΑ βασίζεται σε παραμέτρους κινδύνου (risk-based). Το ιστορικό κάθε επιχείρησης, όπως αναφέρει παράγοντας του υπουργείου Οικονομικών θα είναι ο σημαντικότερος παράγοντας που θα καθορίζει το πότε θα επιστρέφεται ο ΦΠΑ. Οσες επιχειρήσεις με βάση τα αρχεία της γενικής γραμματείας Δημοσίων Εσόδων δεν έχουν παραβάσεις ή ληξιπρόθεσμες οφειλές θα λαμβάνουν άμεσα τον ΦΠΑ χωρίς κανέναν έλεγχο σε διάστημα μιας εβδομάδας.

Αντίθετα όσες επιχειρήσεις είχαν εντοπιστεί κατά το παρελθόν να έχουν διαπράξει φορολογικές παραβάσεις θα περιμένουν μέχρι να ολοκληρωθεί ο έλεγχος των στοιχείων που έχουν υποβάλει. Το νέο σύστημα σύμφωνα με τις δεσμεύσεις που έχει αναλάβει η κυβέρνηση με το αναθεωρημένο Μνημόνιο πρέπει να εφαρμοσθεί μέχρι το τέλος του Σεπτέμβρη. Ειδικότερα, το νέο πλαίσιο για τον ΦΠΑ θα προβλέπει:
Ελάχιστο όριο για την εγγραφή μικρών επιχειρήσεων σε καθεστώς ΦΠΑ. Υπάρχουν εισηγήσεις το ποσό να είναι χαμηλότερο των 20.000 - 25.000 ευρώ. Σημειώνεται ότι σήμερα περίπου το 42% των φορολογουμένων στο σύστημα ΦΠΑ είναι μικρές επιχειρήσεις που αποφέρουν αρνητικά έσοδα (επιστροφές) περίπου 2,3% σε υποχρεώσεις του ΦΠΑ.

Δημιουργία ειδικής μονάδας για την παρακολούθηση των συνολικών επιδόσεων του ΦΠΑ, για την ανάλυση τάσεων και δυνητικών κινδύνων των εσόδων, και για την υποβολή εισηγήσεων για ενέργειες βελτίωσης στις επιδόσεις του ΦΠΑ.
Εκκαθάριση του μητρώου ΦΠΑ από τις ανενεργές επιχειρήσεις.

Δημιουργία μονάδας με αρμοδιότητα τον εντοπισμό περιπτώσεων απάτης ΦΠΑ και συντονισμού δραστηριοτήτων για την πρόληψή τους.

Δημιουργία ενός αυτοματοποιημένου συστήματος επικύρωσης για την επιστροφή του ΦΠΑ που βασίζεται σε παραμέτρους κινδύνου (risk-based).
Κατάργηση της εκκαθαριστικής δήλωσης.

Σύμφωνα με στοιχεία του υπουργείου Οικονομικών οι επιχειρήσεις αναμένουν μέχρι και 783 ημέρες για να τους επιστραφεί ο ΦΠΑ. Οι αιτήσεις επιστροφών ΦΠΑ που εκκρεμούν φθάνουν τις 20.011 με το συνολικό ποσό προς επιστροφή να ανέρχεται σε 691,44 εκατ. ευρώ. Ο μέσος χρόνος αναμονής για να λάβουν οι επιχειρήσεις τον ΦΠΑ φθάνει τις 316 ημέρες.

Σύμφωνα με τα στοιχεία της γενικής γραμματείας Δημοσίων Εσόδων:

Από τις 20.011 αιτήσεις οι 4.709 είναι νέες οι οποίες υποβλήθηκαν από την 1η Ιανουαρίου 2014 μέχρι και χθες. Από τις νέες αιτήσεις οι 300 διεκπεραιώθηκαν μετά τις 90 ημέρες, ενώ 642 αιτήσεις βρίσκονται σε αναμονή που υπερβαίνει τις 90 ημέρες.

Οι μεγαλύτερες καθυστερήσεις καταγράφονται στη ΔΟΥ Κω όπου ο μέσος χρόνος αναμονής για την επιστροφή του ΦΠΑ φθάνει τις 804 μέρες. Ακολουθεί το Κέντρο Ελέγχου Μεγάλων Επιχειρήσεων όπου 112 επιχειρήσεις αναμένουν 765 ημέρες για να λάβουν επιστροφή συνολικού ύψους 80,95 εκατ. ευρώ.

Οι τρεις ΔΟΥ με το μεγαλύτερο πλήθος αιτήσεων σε αναμονή άνω των 90 ημερών είναι η ΦΑΕ Αθηνών όπου εκκρεμούν 390 αιτήσεις, η ΔΟΥ Πλοίων με 264 αιτήσεις και η ΦΑΕ Θεσσαλονίκης με 134 αιτήσεις.