Το Δημοτικό Συμβούλιο Χανίων κατά τη συνεδρίαση της 25ης/7/2016, εξέδωσε με την υπ΄ αριθμ. 546 ομόφωνη Απόφαση του ψήφισμα για τον Μιχάλη Μπονατάκη, τον εξαίρετο άνθρωπο και επιστήμονα, που έφυγε αιφνιδίως από τη ζωή, σκορπίζοντας τη θλίψη τόσο στους οικείους του, όσο και στη χανιώτικη κοινωνία. 

Στο ψήφισμα του Δημοτικού Συμβουλίου επισημαίνεται: “Τιμάμε τη μνήμη του Κισσαμίτη καρδιολόγου, Μιχαήλ Μπονατάκη, που συμμετείχε στο φοιτητικό κίνημα 1973-1979, είχε έντονη συμμετοχή στην πολιτική ζωή του τόπου και στο κίνημα ειρήνης, διετέλεσε δημοτικός σύμβουλος, ενώ ήταν και ενεργό μέλος του οικολογικού κινήματος. Διακρινόταν για την κοινωνική του ευαισθησία, πάντοτε συνεπής στη θεωρία και στην πράξη. 

Το Δημοτικό Συμβούλιο Χανίων αποφάσισε τα παρακάτω:

1) Να εκπροσωπηθούν τα μέλη του από τον Δήμαρχο Χανίων, Τάσο Βάμβουκα, στην εξόδιο ακολουθία.
2) Να εκφράσει τα θερμά του συλλυπητήρια στη σύζυγο του, στα παιδιά  και στους οικείους του.
3) Να κατατεθεί αντί στεφάνου το ποσό των 150 ευρώ στη μνήμη του για τους σκοπούς της ΕΛΕΠΑΠ”.