Σύμφωνα με έρευνα της Ελληνικής Ορνιθολογικής Εταιρείας, οι περισσότεροι υγρότοποι της Ελλάδας, που έχουν μεγάλη οικολογική αξία υποβαθμίζονται.

Η ρύπανση του νερού και του εδάφους, οι ελλείψεις στα προγράμματα προστασίας, η υποβάθμιση και η άναρχη δόμηση καταστρέφουν σημαντικές περιοχές, όπως για παράδειγμα τη λιμνοθάλασσα του Αμβρακικού, τη λίμνη Κορώνεια και τη λιμνοθάλασσα του Μεσολογγίου.