Η εναλλαγή του τοπίου και η ποικιλομορφία του εδαφους στην ενδοχώρα του Νομού Ηρακλείου είναι συνάρτηση του έντονου αναγλυφου που διαθέτει.
Κυριαρχούν οι ήπιοι λόφοι με τους αμπελώνες και ένα πλήθος από κοιλάδες και μικρά φαράγγια.
Το κλίμα της Κρήτης γενικά έχει συμβάλλει στη διαμόρφωση μιας πολύ πλούσιας χλωρίδας, με διαφορετικά οικοσυστήματα, που συνθέτουν ένα σύνολο σπάνιας πολυμορφίας. Καμιά ίσως άλλη περιοχή της γης με την έκταση της Κρήτης, δεν περιέχει τόσα είδη φυτών. Στο νησί υπάρχουν 1624 αυτόχθονα αυτοφυή είδη από τα οποία τα 170 είναι ενδημικά της Κρήτης. Τα ενδημικά φυτά είναι ανομοιόμορφα κατανεμημένα και ως επί το πλείστο απαντώνται σε ψηλά βουνά, φαράγγια και απομονωμένες περιοχές. Ορισμένα από αυτά είναι πολύ σπάνια ή βρίσκονται σε κίνδυνο.
Η φύση του νομού Ηρακλείου ειδικά, χαρακτηρίζεται για τους άφθονους ελαιώνες και αμπελώνες, τη χαμηλή βλάστηση με επικράτηση φρυγάνων και αρωματικών γενικά φυτών, την ποικιλία ειδών και χρωμάτων από τα ενδημικά φυτά της.
Ανάλογη σε ποικιλία και ενδιαφέρον είναι και η πανίδα του νησιού. Λόγω της γεωγραφικής του θέσης και της παλαιογεωγραφικής και γεωλογικής του ιστορίας, συγκεντρώνει πανίδα που αποτελείται από στοιχεία με ετερόκλιτη προέλευση.
Η πλειοψηφία τους βρίσκεται στους ορεινούς όγκους, σε φαράγγια και σε σπηλιές (μοναδικά οικοσυστήματα για καταφύγιο, τροφοληψία και ξεκούραση). Οι βασικότερες κατηγορίες που υπάρχουν στην περιοχή είναι μικρά θηλαστικά, τρωκτικά, αμφίβια, ερπετά, ασπόνδυλα και σπονδυλόζωα, ενώ τα πιο γνωστά ζώα της είναι νυφίτσες, ζουρίδες, σκαντζόχοιροι, ασβοί κ.α
Μεγάλο ενδιαφέρον έχουν οι πληθυσμοί από πουλιά όπως τα αρπακτικά, τα οποία συναντιόνται στο οικολογικό πάρκο του Γιούχτα, όπου υπάρχει μια από τις μεγαλύτερες αποικίες αρπακτικών του ευρωπαϊκού χώρου.