Σκοπός του ΥΠΑΑΤ είναι η έγκαιρη διατύπωση και τεκμηρίωση των εθνικών θέσεων.
Το Ινστιτούτο έθεσε τα θέματα πιστοποίησης και δικαιωμάτων των ελληνικών ποικιλιών, την ποικιλιακή ιχνηλασιμότητα και ανίχνευση προσμίξεων με μοριακές ή χημικές τεχνικές και τη δημιουργία ψηφιακής βάσης δεδομένων, την μείωση, μετά από έρευνα των ορίων για τους αλκυλεστέρες, την σημαντικότητα της οργανοληπτικής αξιολόγησης για το ελληνικό ελαιόλαδο, τη στήριξη ορεινών και μειονεκτικών περιοχών ελαιοκαλλιέργειας, την μείωση των επιπτώσεων και την προσαρμογή στη κλιματική αλλαγή, κλπ.
Για την τεκμηρίωση εθνικών θέσεων συγκροτήθηκε επιτροπή τεχνικών εμπειρογνωμόνων με το συντονισμό του ΕΦΕΤ, στην οποία συμμετέχει και το Ινστιτούτο με συντονισμό από την εμπειρογνώμονα του IOC Έφη Χριστοπούλου.
.