Το Ετήσιο Φορολογικό Πιστοποιητικό εκδίδεται μετά από φορολογικό έλεγχο, που διενεργείται από νόμιμους ελεγκτές (ορκωτούς ελεγκτές λογιστές) και ελεγκτικά γραφεία που είναι εγγεγραμμένα στο δημόσιο μητρώο.
Σύμφωνα με την απόφαση του κ. Θεοχάρη όταν οι προϊστάμενοι των ελεγκτικών υπηρεσιών του υπουργείου διαπιστώνουν πως στις ΑΕ και στις ΕΠΕ δεν έχει εκδοθεί φορολογικό πιστοποιητικό θα πρέπει να διενεργείται κατά προτεραιότητα φορολογικός έλεγχος από την αρμόδια φορολογική αρχή και να επιβάλλεται σε κάθε περίπτωση πρόστιμο από 10.000 ευρώ έως 100.000 ευρώ ανάλογα με τα ακαθάριστα έσοδα που έχουν πραγματοποιήσει οι εταιρείες κατά την ελεγχόμενη διαχειριστική περίοδο.
Πρέπει να σημειωθεί πως η καθιέρωση του Φορολογικού Πιστοποιητικού επέφερε το 2012 διεύρυνση της φορολογικής βάσης κατά 3,4 δισ. ευρώ, αναδεικνύοντας τα περιθώρια συμβολής του ιδιωτικού τομέα στην προσπάθεια πρόληψης της φοροδιαφυγής.
Στοιχεία της Επιτροπής Λογιστικής Τυποποίησης και Ελέγχων κατέδειξαν πως πέρυσι ελέγχθηκαν 4.468 επιχειρήσεις (93,2% των υπόχρεων) και εκδόθηκαν Φορολογικά Πιστοποιητικά για ισάριθμες επιχειρήσεις, με συνολικό κύκλο εργασιών 193 δισ. ευρώ.
Με τις λογιστικές αναμορφώσεις που έγιναν στις δηλώσεις των εταιρειών που ελέγχθηκαν, η φορολογική βάση διευρύνθηκε κατά 3,4 δισ. ευρώ και παράχθηκε τεκμαρτό φορολογικό όφελος μεταξύ 675 και 879 εκατ. ευρώ !
in.gr