Λόγω της 4ωρης στάσης εργασίας (12:00 – 16:00) που εξήγγειλαν οι Ελεγκτές Εναέριας Κυκλοφορίας και της 24ωρης απεργίας που εξήγγειλε η ΟΣΥΠΑ συμμετέχοντας στην απεργία της ΑΔΕΔΥ την Τετάρτη 11 Μαίου 2011, η AEGEAN AIRLINES αναγκάζεται να τροποποιήσει το πρόγραμμά της και να ματαιώσει τις κάτωθι πτήσεις (26 σκέλη πτήσεων εσωτερικού και 4 σκέλη πτήσεων εξωτερικού):.

01.A3 336/337 ATHENS-CHANIA-ATHENS
02.A3 254/255 ATHENS-MITILINI-ATHENS
03.A3 108/109 ATHENS-THESSALONIKI-ATHENS
04.A3 116/117 ATHENS-THESSALONIKI-ATHENS
05.A3 314/315 ATHENS-IRAKLIO-ATHENS
06.A3 316/317 ATHENS-IRAKLIO-ATHENS
07.A3 651/654 ATHENS-RHODES-ATHENS
08.A3 454/455 ATHENS-KALAMATA-ATHENS
09.A3 378/379 ATHENS-MYKONOS-ATHENS
10.A3 256/257 ATHENS-MITILINI-ATHENS
11.A3 734/735 THESSALONIKI-SAMOS-THESSALONIKI
12.A3 146/147 ATHENS-ALEXA/POLIS-ATHENS
13.A3 348/349 ATHENS-SITIA-ATHENS
14.A3 906/907 ATHENS-LARNACA-ATHENS
15.A3 610/611 ATHENS-PARIS-ATHENS

Παράλληλα η AEGEAN αναγκάζεται να αλλάξει την ώρα αναχώρησης σε 13 σκέλη πτήσεων του δικτύου εσωτερικού καθώς και σε 26 σκέλη πτήσεων του εξωτερικού της δικτύου.