Ο κακός καιρός δεν προκάλεσε προβλήματα μόνο στο οδικό δίκτυο αλλά και στις πτήσεις που είχαν προορισμό τα Χανιά
Τα πάνω κάτω έφερε ο κακός καιρός στα δρομολόγια των πτήσεων στα Χανιά. Η έντονη βροχόπτωση και οι ισχυροί άνεμοι προκάλεσαν αλλαγές, ακυρώσεις και τροποποιήσεις πτήσεων καθώς δεν επέτρεψαν σε αεροσκάφη να προσγειωθούν με ασφάλεια στον αερολιμένα των Χανίων.
Απόψε η πτήση 344 της Ολυμπιακής από Αθήνα για Χανιά αναγκάστηκε να επιστρέψει στην Αθήνα μετά από ανεπιτυχή προσπάθεια προσέγγισης του αεροδρομίου. Η πτήση είχε αναχωρήσει από Αθήνα στις 22.20. Φτάνοντας όμως στο αεροδρόμιο Χανίων, δεν μπορούσε να προσγειωθεί με αποτέλεσμα να κάνει για πάρα πολύ ώρα κύκλους πάνω από τα Χανιά. Τελικά αποφασίστηκε ένα τέταρτο πριν τα μεσάνυχτα και μετά από προσπάθειες προσέγγισης που δεν ευοδώθηκαν, να επιστρέψει στην Αθήνα.
Όμως και νωρίτερα, υπήρξαν πολλά προβλήματα με την εκτέλεση των πτήσεων.
Το απόγευμα η προγραμματισμένη για τις 18.50 άφιξη της πτήσης της Ολυμπιακής 336, δεν μπόρεσε να προσγειωθεί στο αεροδρόμιο Χανίων με αποτέλεσμα να αναγκαστεί να πάει στο αεροδρόμιο Ηρακλείου. Με τη σειρά της η πτήση 337 της Ολυμπιακής που επρόκειτο να εκτελεστεί με το ίδιο αεροσκάφος από Χανιά για Αθήνα, ακυρώθηκε. Για τον λόγο αυτό προγραμματίστηκε το πρωί της Πέμπτης πρόσθετη πτήση για την εξυπηρέτηση των επιβατών αυτών.
Επίσης, το απόγευμα η πτήση της Ryanair από Θεσσαλονίκη για Χανιά, δεν μπόρεσε να προσγειωθεί, με αποτέλεσμα να αλλάξει προορισμό και να πάει στο Ηράκλειο. Αργότερα ωστόσο κατάφερε και ήρθε ξανά στα Χανιά για την εκτέλεση της πτήσης Χανιά – Θεσσαλονίκη.
