Είναι γνωστό ότι ο Δήμος προέβη στην απαλλοτρίωση του δυτικού τμήματος, με την απόφαση 186/2007 του Δημοτικού Συμβουλίου. Η απαλλοτρίωση έγινε προκειμένου, αφενός να αναδείξει, να συντηρήσει και να διαφυλάξει ένα τμήμα του ακινήτου (δυτικό) που ήταν διατηρητέο και αφετέρου για να ολοκληρωθεί το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας, από το Πανεπιστήμιο Κρήτης, στο οποίο είχαν ήδη διατεθεί τα υπόλοιπα τμήματα, από τη ΔΕΗ και το Δήμο.
Μετά την έκδοση των απαραίτητων δικαστικών αποφάσεων, η Δημοτική Αρχή προχώρησε σε παρακατάθεση της αποζημίωσης, ύψους 250.000 ευρώ.
Ωστόσο ο ιδιοκτήτης του ακινήτου (Οργανισμός Ασφάλισης προσωπικού ΔΕΗ), είχε προσφύγει στο Συμβούλιο Επικρατείας ζητώντας την ακύρωση της απόφασης του Δημοτικού Συμβουλίου με την οποία είχε επιβληθεί η απαλλοτρίωση.
Στην δικαστική αυτή διαμάχη ο Δήμος υποστήριξε μεταξύ των άλλων ότι η ακύρωση της απαλλοτρίωσης, ενόσω μάλιστα είχε γίνει η παρακατάθεση της αποζημίωσης, δεν ήταν σκόπιμη, από ένα νομικό πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου, διότι τυχόν ακύρωση θα επηρέαζε αρνητικά την λειτουργία του Μουσείου.
Τελικά με επιστολή του Δημάρχου κ. Γιάννη Κουράκη την οποία συνυπέγραψε και ο Πρύτανης του Πανεπιστημίου κ. Στεφάνου, προς την Διοίκηση του Οργανισμού, κάλεσαν το Διοικητικό Συμβούλιο να σταθμίσει τα δεδομένα και να πράξει τα δέοντα, προκειμένου να αποφευχθεί κάθε κίνδυνος ακυρώσεως ενός τόσο σημαντικού έργου.
Μετά την επιστολή αυτή ο Οργανισμός προφανώς αναγνωρίζοντας την μέχρι σήμερα ορθότητα των ενεργειών του Δήμου, στην προσπάθεια συμβολής του στην ολοκλήρωση του σημαντικού αυτού έργου, ζήτησε την διακοπή της δίκης, παραιτούμενος από τη σχετική αίτηση ακυρώσεως.
Ο Δήμαρχος Ηρακλείου εξέφρασε την ικανοποίησή του για την θετική αυτή εξέλιξη και σε δήλωσή του τόνισε ότι το έργο διασφαλίζεται πλήρως, η ολοκλήρωσή του δεν διατρέχει πλέον το κίνδυνο της ακυρώσεως και αυτό σε σημαντικό βαθμό επιτεύχθηκε χάρη στις προσπάθειες και τις πρωτοβουλίες της Δημοτικής Αρχής.
Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης, επεσήμανε ο κ. Κουράκης, αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα στοιχεία πολιτισμού, και προσφέρει στον επισκέπτη μια μοναδική ευκαιρία πολύπλευρης γνωριμίας με το φυσικό περιβάλλον της Κρήτης και της Ανατολικής Μεσογείου.