Τρία εναλλακτικά σενάρια, μελετά την περίοδο αυτή, με άκρα μυστικότητα, το υπουργείο Παιδείας, για το τι μέλλει γενέσθαι, στη διοικητική δομή των ΑΕΙ, κατά τη μεταβατική περίοδο που ακολουθήσει της ψήφισης του νέου νόμου - πλαίσιο.

Το ένα από τα σενάρια αυτά σύμφωνα με πληροφορίες, είναι η πιλοτική εφαρμογή της σαρωτικής μεταρρύθμισης του «Νέου Πανεπιστημίου» σε πέντε ΑΕΙ της χώρας, μεταξύ των οποίων και το Πανεπιστήμιο Κρήτης, για χρονικό διάστημα που δεν έχει ακόμη διευκρινιστεί.

Έτσι, το Πανεπιστήμιο Κρήτης, μαζί με το Οικονομικό (ΑΣΟΕΕ), το Ιόνιο, το Πάντειο και το Χαροκόπειο, θα μπουν στο «δοκιμαστικό σωλήνα» του υπουργείου Παιδείας και θα εφαρμόσουν πιλοτικά τις διατάξεις του νέου νόμου - πλαίσιο, με τη διοικητική μεταρρύθμιση του νέου οργάνου, δηλαδή του Συμβουλίου Διοίκησης των ιδρυμάτων. Πρόθεση της ηγεσίας του υπουργείου Παιδείας, είναι να διαπιστωθούν στην πράξη τα προβλήματα και τις δυσλειτουργίες του νέου συστήματος προκειμένου να διορθωθούν, αλλά και να καταγραφούν οι αντιδράσεις της πανεπιστημιακής και της φοιτητικής κοινότητας, οι οποίες θα πρέπει να θεωρούνται δεδομένες.

Η επιλογή των πέντε αυτών ΑΕΙ της χώρας, δεν είναι τυχαία. Πρόκειται για τα Πανεπιστήμια, στα οποία η θητεία των πρυτανικών Αρχών λήγει τον ερχόμενο Αύγουστο και υπό κανονικές συνθήκες, θα έπρεπε να βρίσκονται τώρα σε πρώιμη προεκλογική περίοδο με τις κάλπες για τις νέες διοικήσεις να στήνονται το Μάιο. Η κατάθεση ωστόσο στη Βουλή του νέου νόμου - πλαίσιο και η ψήφισή του το αργότερο μέχρι το Πάσχα, θα προκαλούσε διοικητικό κενό στα συγκεκριμένα ΑΕΙ.

Παράλληλα το υπουργείο Παιδείας προβληματιζόταν έντονα, σχετικά με το μεταβατικό στάδιο, μετά την ψήφιση του νόμου, αφού θα συνέπιπτε με τη λήξη του τρέχοντος ακαδημαϊκού έτους και την καλοκαιρινή περίοδο που τα Πανεπιστήμια είναι κλειστά ή υπολειτουργούν. Συνεπώς το Πανεπιστήμιο Κρήτης και τα υπόλοιπα ιδρύματα, θα έμεναν από την 1η του Σεπτέμβρη ακέφαλα, αφού η θητεία της σημερινής πρυτανικής Αρχής λήγει στις 31 Αυγούστου.

Μπροστά στο διοικητικό αδιέξοδο που δημιουργείται, αν δεν υπάρξει άμεση εφαρμογή του νέου νόμου, εξετάζεται ένα ακόμη σενάριο. Αυτό της παράτασης της θητείας των σημερινών διοικήσεων για ένα επιπλέον χρόνο, κατά τον οποίο θα είναι επιφορτισμένες με την εφαρμογή των διοικητικών αλλαγών. Στην προκειμένη περίπτωση όμως, οι συγκεκριμένες πρυτανικές Αρχές, αφού η θητεία τους θα έχει λήξει, θα θεωρούνται διορισμένες από το υπουργείο Παιδείας, χωρίς την εντολή της πανεπιστημιακής κοινότητας.