Η Οικονομική Αστυνομία, υπό την εποπτεία του καθ ύλην αρμόδιου Εισαγγελέα για το Οργανωμένο Έγκλημα, θα αποτελείται, στην εσωτερική της δομή, από τέσσερα τμήματα με ξεχωριστές αρμοδιότητες, ωστόσο συμπληρωματικές στη συνολική της δράση. Στο πλαίσιο αυτό θα αποτελείται από :
• Το Τμήμα Προστασίας Δημόσιας Περιουσίας που θα ασχολείται με τα εγκλήματα που διαπράττονται από φυσικά ή νομικά πρόσωπα και βλάπτουν ή απειλούν τα συμφέροντα του ελληνικού δημοσίου ή του ευρύτερου δημόσιου τομέα
• Το Τμήμα Προστασίας Οικονομίας που θα ασχολείται με τα εγκλήματα που επιφέρουν βλάβη στα έσοδα του δημοσίου και επηρεάζουν σημαντικά την ομαλή λειτουργία της αγοράς
• Το Τμήμα Φορολογικής Αστυνόμευσης που θα ασχολείται με τα εγκλήματα που αφορούν στη φορολογική και τελωνειακή νομοθεσία
• Το Τμήμα Κοινωνικής και Ασφαλιστικής Προστασίας που θα ασχολείται με τις παραβάσεις σε βάρος Οργανισμών Κοινωνικής Ασφάλισης, Πρόνοιας και Περίθαλψης των πολιτών
Η Δίωξη Ηλεκτρονικού Εγκλήματος, στην εσωτερική της δομή, θα αποτελείται από τέσσερα τμήματα που συμπληρώνουν όλο το φάσμα προστασίας του χρήστη και ασφάλειας του Κυβερνοχώρου. Έτσι, στη νέα αναβαθμισμένη δομή της θα αποτελείται από:
• Το Τμήμα Γενικών Υποθέσεων και Προστασίας Προσωπικών Δεδομένων που θα ασχολείται με τις εγκληματικές πράξεις που διαπράττονται στα μέσα ηλεκτρονικής επικοινωνίας και ψηφιακής αποθήκευσης ή μέσω αυτών σε ολόκληρη τη χώρα,
• Tο Τμήμα Προστασίας Ανηλίκων που θα ασχολείται τα εγκλήματα που διαπράττονται κατά των ανηλίκων με τη χρήση του διαδικτύου και των άλλων μέσων ηλεκτρονικής ή ψηφιακής επικοινωνίας και αποθήκευσης
• Tο Τμήμα Προστασίας Λογισμικού και Πνευματικών Δικαιωμάτων που θα ασχολείται με τις υποθέσεις παράνομης διείσδυσης σε υπολογιστικά συστήματα και κλοπής, καταστροφής ή παράνομης διακίνησης λογισμικού υλικού, ψηφιακών δεδομένων και οπτικοακουστικών έργων, που τελούνται σε ολόκληρη τη χώρα, καθώς και
•Το Τμήμα Ασφάλειας Ηλεκτρονικών Επικοινωνιών